Мешкають джгутикові мікроби зазвичай у рідкому середовищі. в організмі людини та тварин, в океанах та морях, ґрунті. Особливо багато їх накопичується у стоячих прісноводних водоймах. Там для них гарне середовище для розмноження.

Джгутики можуть бути присутніми на клітинах по одному або у множині, вони є у багатьох протистів, зооспор та гамет. Еукаріотичний джгутик являє собою виріст клітини, оточений мембраною, з елементами цитоскелета всередині, який здійснює биття за рахунок енергії гідролізу АТФ.

Усі рослинні джгутиконосці ведуть вільний спосіб життя у водному середовищі. Інші джгутиконосці не мають хлоропластів. Серед них є вільноживучі особини, але основні представники їх перейшли до паразитичного способу життя в рослинних та тваринних організмах.