Біфідумбактерін при кишкових захворюваннях застосовують внутрішньо а в акушерсько-гінекологічній практиці – інтравагінально. Вміст флакона розчинити кип'яченою водою кімнатної температури із розрахунку 5 мл (чайна ложка) води на 1 дозу препарату.

Порошок можна змішати з 30-50 мл кип'яченої води кімнатної температури, при цьому утворюється каламутна завись з частинками сорбенту чорного кольору. Отриману водну завись слід випити, не добиваючись повного розчинення. Залежно від тяжкості захворювань Біфідумбактерін форте застосовують у звичайних чи збільшених дозах.

Необхідну кількість доз (відповідно чайних ложок) приймати за 20-30 хв. до їжі. Грудним дітям препарат можна давати безпосередньо перед годуванням.