У протоколі розбіжностей обов'язково мають бути зазначені дата та місце його складання, номер та дата основного договору, найменування та реквізити сторін, посадові особи, уповноважені на підписання договору та протоколу розбіжностей, а також реквізити документів, що засвідчують їх повноваження.

Відповідно, та протокол розбіжностей має бути підписаний повноважною особою. Якщо слідувати буквальному тлумаченню цивільного законодавства, протоколом розбіжностей є документ, підписаний повноважною особою організації, в якій сформульовано зміни умов, отриманих такою організацією оферти.

Протокол розбіжностей має бути оформлений у вигляді окремого документа, містити положення контракту, що не відповідають повідомлення про проведення закупівлі в електронній формі, документації про закупівлю в електронній формі та заявку на участь переможця цієї процедури із зазначенням відповідних положень даних документів.