Щеплення від кліщового енцефаліту ставлять восени, щоб підготуватися до весняної епідемії, другу – у зимовий час, або на початку весни. Між введенням препарату необхідно почекати місяць, у ряді випадків – 2 тижні. Введення вакцини також допускається через 3 місяці після першої ін'єкції.

– перша щеплення навесні(березень, квітень) у вибраний день, – друга щеплення за місяць від першої, – третя щеплення через 9-12 місяців від другої. Вакцина, введена за екстреною схемою, створює такий самий стійкий імунітет, як і за стандартної схеми вакцинації.

Щеплюватися можна будь-якої пори року, але краще імунізацію проводити в зимові місяці або ранньою весною до початку активності кліщів. Основна схема імунізації складається з 3 щеплень – двох вакцинацій з інтервалом від 1-3 до 5-7 місяців та ревакцинації через 9-12 місяців.

Щеплення вакциною Кліщ-Е-Вак доведеться відкласти після: вірусного гепатиту (на 6 місяців); менінгококової інфекції (6 міс.); після пологів (два тижні);