Особливістю БТР-80А є принципово новий комплекс озброєння. Машина озброєна баштовою гарматно-кулеметною установкою із зовнішнім розміщенням 30-мм автоматичної гармати 2А72 і спареного з нею 7,62-мм кулемета.

Головна зовнішня відмінність БТР-82 від радянського БТР-80 у бойовому модулі. Залежно від версії машини він несе різне озброєння. На дрібносерійному БТР-82, без додаткового індексу, в ньому встановлено 14,5 мм кулемет КПВТ, але саме ця версія найменш поширена – близько сотні машин.

Як основне озброєння використовується 14,5-мм кулемет КПВТ, найбільша прицільна дальність стрільби – 2 км. Перевозимий боєкомплект становить 500 патронів. Додатково в баштовій установці встановлено спарений з КПВТ 7,62-мм кулемет ПКТ, дальність стрільби якого становить до 1,5 км.