Сам цифровий мікроскоп складається з власне мікроскопа та системи введення зображення (фото-або відеокамери). Мікропрепарат, що розглядається, поміщається на предметний стіл мікроскопа, вибирається об'єктив з потрібним збільшенням, цифрова камера знімає отримане зображення і передає його в комп'ютер по USB-кабелю.

Окуляр – частина, куди безпосередньо дивиться дослідник. Об'єктив – система лінз, які забезпечують збільшення об'єкта, що досліджується. Конденсор – система, що збирає пучки світла. Предметний столик – поверхня, на якій і розташоване предметне скло з предметом, що вивчається.

Світлові мікроскопи відрізняються від електронних тим, що по-перше для створення збільшеного зображення використовується світловий потік, а по-друге – пучок електронів. Світлові мікроскопи з'явилися давно, приблизно у 16 ​​столітті, а електронний мікроскоп – Порівняно нещодавній винахід, йому ще немає і 100 років.

Цифрова мікроскопія на відміну від традиційної світлової мікроскопії дає можливість окрім безпосередньо спостереження об'єктів на екрані монітора, документувати інформацію в електронному вигляді, тобто робити цифрові фотознімки, а також записувати відеоролики.