Спеціальні операції відрізняються від звичайних військових операцій як за цілями (розвідка, саботаж, підривна діяльність тощо), так і за методами (підвищена таємність та скритність). Військові ЗІ, як правило, проводяться силами спеціального призначення (розвідувальними, диверсійними тощо).
Велике відмінність від поняття війни, у спеціальній операції Збройних Сил РФ проглядається мета – поразка тільки військових об'єктів противника, а для мирних жителів створення коридорів виходу із зони бойових дій та надання гуманітарної допомоги.